學位論文
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Item 大腸桿菌硫酯/蛋白一號在催化過程中的蛋白質骨架動態性質分析(2005) 周靜瑜; Ching-Yu Chou大腸桿菌硫酯(TEP-I)在生物上的功能是幫助醯基輔水解分裂硫酯。我們所研究的酵素除了是一種硫酯之外，它也屬於絲蛋白中SGNH水解中的一支。其中和催化過程有直接相關的的胺基酸可分為催化三元素(Ser10, Asp154, His157)和氧陰離子洞(Ser10和Asp154骨架上的氨基，和Asn73末端的氨基)。為了研究酵素催化過程，我們所取用的反應物為DENP( diethyl p-nitrophenyl phosphate)。因為DENP和TEP-I的反應過程包括酵素催化過程中的中間態(MC)和過度時期(TC)。我們利用二維的異核核磁共振脈衝序列，在靜磁場14.7T下來量測自旋-晶格遲緩速率(R1)、自旋-自旋遲緩速率(R2)及15N{H}異核交互作用增億參數(NOE)。我們使用二次擴散分析(quadric diffusion analysis)獲得擴散張量(diffusion tensor)及無模型法則(model-free formalism)決定次序參數(S2)、有效相關時間(te)及化學交換參數(Rex)；另外，我們進一步地經由簡化的光譜密度的對應(reduced spectral density mapping)得到光譜密度函數。我們也利用了分子模擬計算得到原子階層的圖像，也將其與實驗做了比較分析。 利用上述的計算分析，我們得到了酵素在不同狀態下的動態模擬，了解酵素是如何調整動性減低反應能量。