Browsing by Author "李德傑"

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    小分子與蛋白質結合複合體之電腦模擬計算研究
    (2017) 李德傑; Lee, Der-Jei
    本研究中，我們使用了電腦模擬技術研究有潛力發展出藥物的蛋白質-小分子複合體，特別專注於研究競爭型的小分子抑制劑。熱力學積分及分子嵌合計算是本論文所使用的兩個主要計算方法，我們利用這兩個計算方法研究了三個蛋白質系統，介紹如下: 肝醣合成酶激酶-3(GSK-3) 我們藉由熱力學積分及分子嵌合去研究新型態的GSK-3β 抑制劑。首先從小分子資料庫中收集數百萬個化合物並進行嵌合計算篩選化合物，並選擇5個高評分的分子進行熱力學積分的計算，估計其結合強度及預測其結合位向，計算所得結合強度較強的分子將建議給實驗學家進行酵素實驗。在計算的5個分子中，預測了1個化合物的Kd值接近M，預測的結合位向結果可進一步運用於類似物抑制劑的開發上。 半乳糖苷酶(Galactosidase) 我們藉由嵌合計算去計算幾種已知抑制劑並協助設計產生更好的衍生物。首先，先預測了已知抑制劑的結合位向，藉由疊圖與氫鍵分析分析半乳糖苷酶在活性位置的作用情形。之後，進一步地設計了13個相關的衍生物分子，並推薦了1個分子給實驗學家做酵素實驗。 吲哚胺-吡咯2，3-雙加氧酶(IDO) 我們使用了共價嵌合計算去輔助設計具有共價鍵的抑制劑。總共彙整了3類抑制劑分子共38種化合物並使用共價嵌合計算來進行排序，這些化合物的排序有助於開發類似的共價抑制劑。 關鍵字: GSK-3β 蛋白質激酶、IDO、 半乳糖苷酶、分子嵌合、豐富指數、虛擬篩選、分子資料庫